Em fevereiro de 1968, a pedido do Em.mo Cardeal Dom Agnelo Rossi, a Província dos Capuchinhos de São Paulo aceitou o Santuário Nossa Senhora de Fátima e São Roque, atualmente elevada a Santuário, na zona leste, bairro Sapopemba. No dia 06 de abril de 1968, o Ex.mo Bispo Dom Bruno Maldaner, vigário episcopal da zona leste, deu posse ao primeiro vigário frei Mateus Gaspar Lopes, o qual teve como cooperadores seu irmão gêmeo frei Jerônimo Gaspar Lopes e frei Anselmo Marcondes, sendo que este último já estava atendendo o Santuário desde fevereiro de 1968.

O terreno onde estão situados a igreja e convento pertencia à Mitra Diocesana de São Paulo e foi doado à ordem a 11 de julho de 1971. Os frades trataram de construir uma nova, espaçosa e funcional igreja com as demais dependências necessárias e já em 1971, no dia 16 de maio era inaugurada a cripta da igreja, a Capela da Ressurreição (Ossário).